Itachi aparece tras la muerte del Tercer Hokage, con el protector de Konoha, infiltrándose junto con Kisame en Debut de Itachi y Kisame Fuego 013Añadida por Fuego 013 busca de Naruto Uzumaki y el Kyubi , encontrándose con Asuma Sarutobi y Kurenai Yuhi, que resultan derrotados por la pareja Akatsuki. Poco después hace acto de presencia Kakashi Hatake, que también resulta derrotado. Con la llegada de Maito Gai ambos huyen, rechazando según Itachi "comenzar una guerra total con toda la aldea". Itachi encuentra a Naruto e intenta llevárselo, Sasuke recuerda cuando todo su clan fue masacrado, él encuentra a Itachi e intenta atacarlo con el Chidori pero no logra nada y en el último instante Jiraiya entra para salvar a ambos. Sasuke intenta pelear contra Itachi que termina atormentándolo psicológica y físicamente argumentando que sus "poderes no se comparan con los de él". Jiraiya intenta atraparlos en el estomago de sapo pero Itachi usa su Amaterasu para poder escapar afirmando que no podia pelear ya que tenía poco chakra. A pesar de que se suponía que Itachi fue a Konoha a capturar a Naruto, la única y verdadera razón por la que Itachi regreso a Konoha después de la muerte del Tercer Hokage, era para recordarle a Danzo y a los dos ancianos de la aldea que él todavía estaba vivo y que no podían tocar a su hermano menor.